고등기술연구원의 2단계 도약을 위해 수행된 『고등기술연구원 중장기 발전전략』 연구에서는 현재까지의 연구, 교육, 제반운영을 재검토하여 다음과 같은 발전방향을 제시하고 있다.
현재의 4개 연구분야외에 환경기술분야와 아주대병원과 연계한 의공학분야를 추가하며, 생산기술분야에서 일부 진행중인 전자재료 분야를 반도체 중심으로 확대하고, 정보통신분야에는 각종 소프트웨어를 연구개발하는 소프트웨어분야와, 대우중공업의 중형항공기 사업과 연계한 항공전자 분야가 추가된다. 또 전력에너지 분야에는 태양에너지 등 신에너지 분야가 추가되며, 기존의 기술경영분야도 본격적으로 확대, 정착시켜 나가기로 한다.
연구조직은 연구실간의 벽을 없애고 상호교류를 원할히 하여, 모든 분야의 기술이 한곳으로 모일수 있도록 하는 학제적 연구를 강화한다. 이를위해 연구과제 중심의 연구조직 운영이 본격화되고, 이에 대한 이론적 수단인 시스템즈 엔지니어링을 적극 활용한다.
고등기술연구원의 교수는 전임교수와 함께 계약에 의한 연구교수제를 운영하여 일정기간 동안의 평가를 거쳐 전임교수로 임명되도록 하여, 유능한 외부인력의 유치를 원할하게 한다. 이외에도 아주대학교에서 연구를 주로 수행하기 위해 파견나오는 파견교수, 고등기술연구원이나 조합원사 연구원중 현장경험이 풍부한 자에게 일부 강의 및 논문지도 등을 맡기는 협동교수, 그리고 국내외의 저명 연구자, 기술자를 일정기간 초빙하는 초빙교수 등으로 교수가 운영된다.
장기적으로 재정적인 자립을 도모하기 위해, 정부의 연구개발 정책자금 활용을 확대하며, 외부로부터의 연구과제 수탁, 기술적 문제와 함께 경영일반도 포함하는 컨설팅 수행 등 용역사업도 수행할 것이며, 특히 고등기술연구원의 연구성과를 사업화하는 별도의 회사를 설립하여, 조함원사로 참여시키는 방안 등도 검토되고 있다.
조합원사도 현재의 대우그룹 중심에서 탈피하여, 협력관계 또는 하청관계에 있는 중소기업도 참여시켜 공동개발을 수행하고, 기술인력 교육도 지원하여 중소기업에 대한 협력관계를 강화한다.
국내외의 협력기관을 확대하며 MIT, IAS 등 해외 유수기관과의 인적․기술적 교류를 강화하며, 특히 동남아지역의 우수인력을 유치하여 협력관계를 쌓아 나간다. 또한 영국, 일본, 독일, 미국 등 해외에 건설되는 연구개발센터내에 고등기술연구원의 분원을 설치하는 등 연계와 교류를 강화한다.
고등기술연구원이 교육하여 조합원사에 배출하는 인력은 조합원사 석사 소요인력의 약 20%, 박사 소요인력의 약 30% 수준을 목표로 한다. 고등기술연구원은 설립당시 내세운 산학연의 일체, 연구와 교육의 일체라는 이상과 조합원사에 필요한 기술개발과 기술인력 교육이라는 분명한 목표의 성취를 위해 최선을 다하고 있으며, 5년이라는 매우 짧은 시간속에서 그 기틀을 성공적으로 다짐으로써, 우리의 시도를 이상의 현실화라는 관점에서 주시하고 있는 대내외에 큰 주목이 되고 있다.
고등기술연구원은 앞으로도 대우그룹을 중심으로 한 산업현장에 그 뿌리를 깊이두되, 줄기와 가지는 우리나라와 세계라는 넓은 세상을 향해 힘차게 뻗어나가, 우리나라를 대표하는 산학연 공동체 연구교육기관, 세계속에 우뚝 자리매김하는 우리 고유의 산학연 일체, 연구교육 일체의 실험적 모델, 나아가 성공적인 모델로 그 탐스러운 열매를 맺을 것이다.