대우재단에서는 자체적으로 운영하고 있는 학술사업과는 별도로 교육기관에 대한 지원사업을 하고 있다. 교육기관지원은 재단의 간접지원 방식의 일환으로 시도된 사업으로서 그 운영이 전적으로 지원을 받는 기관에 의해 이루어진다는 특징이 있다.
교육기관지원은 두가지 방식으로 이루어지고 있다. 한가지 방식은 매년 지원금을 지급하는 것이고, 다른 한가지 방식은 운영기금을 지원하여 지원을 받는 교육기관에서 이를 운영하는 것이다.
전자에 해당하는 것에는 대우학원, 지성학원, 교육대학도서지원, 진주교육대학장학기금 및 장학금지원과 서울대 ‘대우학술연구비’ 지원이 있고, ‘우당(愚堂)장학금’과 ‘다산기념강좌(茶山記念講座)’는 후자에 속한다.
재단은 기초학문 분야 특히 수학, 물리학, 화학, 생물학 분야의 중점적인 연구지원을 위하여 서울대학교에 ‘대우학술연구비’를 지원하였다. 이 지원은 1987년부터 10년간 이루어지는 것으로 1995년에는 9차 지원을 하였다. 서울대는 이 연구비 관리를 위해 별도로 ‘대우학술연구비관리위원회’를 구성하여 연구과제의 선정에서부터 그 결과의 평가까지 담당하였다. 이 지원을 통해 나온 연구결과는 매년 ‘대우학술연구총서’로 발간되고 있다.
1987년 10월 재단은 장기적인 계획 하에 연속적이고 집중적인 연구를 기하도록 한다는 취지에서 연세대학교에 ‘다산기념강좌(茶山記念講座)’ 개설을 지원한 바 있다. 이에 연세대학교는 ‘다산기념강좌’를 위해 별도의 운영위원회를 구성하여, 국학 및 그 관련분야를 대상으로 매년 대학원 수준의 강의를 진행하며 3월에서 12월까지 학기 중에 계속 열고 있다. 그 운영은 연세대 ‘국학연구원’내에서 맡고 있다.
지난 1988년부터 재단은 초등교육을 담당할 교육자 양성을 위하여 서울교육대학을 필두로 하여 매년 1개 대학씩 교육대학에 장학기금을 지원하기 시작했다. 지원을 받은 각 교육대학은 장학위원회를 구성하여 그 명칭을 ‘愚堂장학금’으로 정하고 매년 기금에서 발생하는 과실금으로 장학금을 지급하고 있다. 1995년도에는 진주교육대학에 장학기금 및 장학금을 지원함으로써 그 혜택을 받는 교육대학은 1996년 현재 8개교에 이르고 있다.